לאחר מותו של רבי אליעזר, הפך רבי טרפון, חכם העיר, למנהיג העדה. גם הוא נמלט, כמו רב אליעזר, אחרי החורבן, מירושלים ליבנה ומשם עבר ללוד.
רבי טרפון , אף על פי שלא נתמנה לנשיא הסנהדרין, מזוהה תמיד בצירוף "זקנים" המופיעים תמיד בצירוף עם הנשיא.על למדנותו המופלגת מסופר: "רבי יהודה הנשיא היה מונה שבחם של חכמים ... לרבי טרפון קרא לו גל אבנים , ויש אומרים גל של אגוזים, כיוון שנוטל אדם אחד מהם, כולם מתקשקשים ובאים זה על זה. כך היה רבי טרפון דומה. בשעה שתלמיד חכם נכנס אצלו ואמר לו שנה לי - מביא לו מקרא ומשנה מדרש הלכות ואגדות. כיוון שיצא מלפניו , היה יוצר מלא ברכה וטוב". מתוך: וקרט, אורה, 1977, לוד - גיאוגראפיה היסטורית, הוצאת גומא ועיריית לוד - צ'ריקובר.
ר' טרפון היה כהן ועשיר מופלג. באופן מיוחד התפרסם ר' טרפון באגדה במידת כיבוד אם שהייתה בו. מסופר, שאמו של ר' טרפון ירדה לטיילם לתוך חצרה בשבת ונקרע לה סנדלה. כיון שהיה שבת, ואסור היה לטלטל שם סנדל אחר, "הלך ר' טרפון והניח שתי ידיו תחת פרסותיה והייתה מהלכת עליה עד שהגיעה למיטתה". כמו-כן, נודע כי ר' טרפון בלמדנותו הרבה. על עושרו הרב מסופר, שנתן לרבי עקיבא סכום כסף גדול מאד, כדי לקנות לו נחלה. כן קידש 300 נשים ונתן להן תרומה (פרנס אותן). בביתו של רבי טרפון היו כמו בבית רבי אליעזר, עבדים. אחרי רבי טרפון לא ידוע מי הנהיג את העדה. כנראה הייתה תקופה בלי הנהגה עד שקם רבי אפס מדרומה, אחריו היה רבי יהושע בן-לוי חכם העיר.