בשנת 1268 כבש השולטן הממלוכי ביברס את כל המבצרים הצלבניים בארץ ישראל ובכללם את המנזר המבוצר של סט. ג'ורג' בלוד והחלה התקופה הממלוכית בא"י. החרבת הנמלים ניתקה את ארץ ישראל ממעגל הסחר הבילאומי, והעמידה אותו על סחר מקומי מצומצם. בעקבות זאת פרחו ערים יבשתיות בהר ובשפלה, ולוד נהנתה מחורבנן של ערי החוף. בתקופה זאת קיבלה לוד מעמד של עיר נאפה (נאחיה) ועברה דרך דואר ראשית. מתוך: זוהר ברעם, מאמעוס ועד לוד שפלה מלוד ועד הים עמק.

שלטון הממלוכים השתרע במשולש עזה כרך דמשק. בין הערים הללו קישרו דרכים סלולות. לאורכן של הדרכים הוקמו מצודות, ח'אנים מבוצרים, ובמקומות הנדרשים, נמתחו גשרים, אשר הקלו על תנועת הצבא ועל שירותי הדואר הרשמי. אחד הגשרים שנבנו על נחל איילון הוא גשר ג'ינדאס, שעליו עוברת עד היום הדרך (כביש) מלוד לשדה התעופה, ועליו חקוק סמלו של בייבארס - זוג ברדלסים וכתובת בה כתוב: "בשם האלוהים הרחמן והחנון ותפילתו על אדוננו מוחמד וחבריו כולם. ציווה בבניית הגשר המבורך הזה, אדוננו השולטן האדיר א'-ט' אהר רכן א-דין בייברס בן עבדאללה בימי בנו אדוננו השולטן המלך א-סעיד נאצר א-דין, ברכת הח'אן ינצור את נצחונותיהם ויעניק להם סליחה. וזה נעשה בהנהלת העבד הנכנע הזקוק לרחי אללה, עלא-דין א-סואק, יסלח אלוהים לו ולשני הוריו. בחודש הראמדאן שנת שש מאות שבעים ואחת". מן הכתובת אנו למדים כי הגשר נבנה בשנת 671 להגרה, שהיא שנת 1273 לספירה. מתוך: וקרט, אורה, 1977, לוד - גיאוגרפיה היסטורית, הוצאת גומא ועיריית לוד - צ'ריקובר.

בשמו של בייבארס, נבנה גם מסגד של ג'אמע אל-עומר (מסגד אל עומרי), בשנת 666 לספירה המוסלמית, שהיא 1268 לספירה הנוצרית. על פי האגדה נבנה המסגד בגלל קינאתם של תושבי לוד באחיהם יושבי רמלה הסמוכה. לרמלה, שהיתה בעלת חשיבות רבה בתקופה הממלוכית, היה מסגד לבן ומרובע, שעורר התפעלות כל רואיו. תושבי לוד גם הם חשקה נפשם במסגד כזה. מה עשו? הלכו ל"חכמי רמלה", וביקשום לעזור להם בבניית מגדל דומה בעירם. כינסו חכמי רמלה את אנשי לוד "הנבערים", ויעצו להם לבוא בלילה להביא איתם חבל ארוך ולגרור בעזרתו את המסגד הלבן, עד שיעבור ללוד. באו אנשי לוד בהמוניהם, כשהם מצויידים בחבלים ארוכים, כרכו אותם סביב המסגד, בעוד תושבי רמלה ישנים. אך תושבי רמלה החכמים , הערימו על הלודאים והחליפו את החבלים בכבלים עשויים גומי. וכך משכו הלודאים עד שהגיעו ללוד. הלודאים לא הבחינו בעורמה עד שהאיר השחר, אז נוכחו כי הרמלאים שמו אותם ללעג. אז הלכו ובנו מסגד גבוה ובולט יותר מזה של רמלה הסמוכה.

למרות העובדה שהארץ נשלטה ע"י הממלוכים, שהיו קנאים לדת המוסלמית, ובכל זאת נוצרים ויהודים המשיכו להתגורר בעיר וצליינים ויהודים פקדו את העיר משך כל תקופת השלטון הממלוכי. מרשימותיהם של נוסעים אלה אפשר להבין, כי לוד היתה בתקופה זאת עיירה השוכנת לצידה של רמלה, העיר אשר חזרה להיות מרכז אדמניסטרטיבי גם בתקופה זאת. מתוך: וקרט, אורה, 1977, לוד - גיאוגרפיה היסטורית, הוצאת גומא ועיריית לוד - צ'ריקובר.
בשנת 1322 ביקר בלוד, רבי אשתורי הפרחי, שנודע כחוקר היהודי הראשון של ארץ ישראל. בביקורו הוא מצא קהילה יהודית עליה כתב בספרו "כפתור ופרח": "והנך רואה בארץ לוד, שעושה יום אחד מיום טוב וגת שהוא לו לאלף וחמש מאות אמה עושים שנים ימים".

בשנת 1330 עלה לארץ רבי יצחק איבן חילו והחל לסייר בארץ ולהעלות על הכתב את רשימותיו: "מגמזו באים ללוד, שאיננה היום יותר מכפר, אבל בימי קדם היתה אחת הערים המרכזיות של חכימנו ז"ל... בימי הערלים נקראה סנט גורג' ע"ש הראש שלהם, אולם המוסלמים הרסו את מקדשו וישיבו לעיר את שמה העתיק".
חמש שנים לאחר מכן ביקר הנוסע ג'קופו מורונה והוא כתב: לוד היא שני מילין מרמלה ובה ריפא את פטרוס הקדוש את אניאס המשותק. יש כאן כנסייה ע"ש סט. ג'ורג' הקדוש - כולה הרוסים".
לודולף פון סוכם, אשר ערך מסע בין השנים 1336 - 1340 והתפעל מהעיר: "לצד שמאל של רמלה עומדת עיר יפה, שהיא עדיין מאוכלסת כראי ונקרת דיופוליס או בשם אחר לידה. העיר כנסייה גדולה מעוטרת בעבודה שיש".
מן הקטעים שהובאו ואחרים, אפשר להסיק, כי בתקופה הממלוכית היתה לודה עיירה קטנה, אך היא היתה חשובה בגלל הימצאה על דרך השיירות אשר קישרה בין יפו לירושלים. אוכלוסיית המקום הורכבה בעיקרה ממוסלמים, מיעוט אורתודוכסי וקהילה יהודית זעומה. מתוך: וקרט, אורה, 1977, לוד - גיאוגרפיה היסטורית, הוצאת גומא ועיריית לוד - צ'ריקובר.